蔡珽与年羹尧本来都是为雍正办事的，而且蔡珽还是由年羹尧向雍正引见的。康熙六十一年（1722）八月，当蔡珽接替年羹尧出任四川巡抚，去热河陛见时，在年羹尧的安排下，谒见了胤禛，从此便成了胤禛的心腹。因此，两人关系一度比较友好。但是后来却因为某些原因出现了争执。蔡珽做巡抚时，将年羹尧说好之人题参，后来，年羹尧的亲信王景灏做巡抚又再将蔡珽说好之人题参。由此而见，蔡珽与年是有一定过节的。及至事情发展到年已无法再容忍蔡的境地，年首先拿先任夔州知府程如丝开刀。雍正元年（1723），他疏劾程如丝贩卖私盐，残害盐商。而蔡珽则针锋相对，奏称程如丝“为四川第一好官”。两人矛盾深化。至少到雍正三年正月，雍正对蔡珽的评价仍是“学问素优，人品端方”。到四年五月，雍正“看按察使程如丝是汉人内第一等人”。而此时，年羹尧“自持已功，故为怠玩，或诛戮太过，至此昏愦”，其“为川陕总督，贪婪放纵，网利营私”，引起了雍正猜忌之心和极大不满。按理年羹尧本是绝顶聪明之人，但是却不知鸟尽弓藏之理。雍正认为年羹尧与“蔡珽之奏各相悬殊”，“将此事着石文悼审明”。石文悼似乎摸透了雍正的心理，便极力为程如丝开脱。奏报程如丝“实系冤抑”。初次交锋，年已然占了下风。

　　其实，除了雍正本身对年有疑心外，本身年就有很多劣迹，着实令人难以同情。如“川员赴任过陕者，必今重送贽仪，并讲明到任后规礼等语”，“各官尽皆趋赴年羹尧或差人请安或附廪送礼”，同时扶植亲信等，这些怎能让本就极其过敏的雍正能安坐龙床。

　　雍正二年（1724），蔡珽又上疏朝廷说：“四川不产白铅，开采非便”，以此对抗年羹尧请在川陕“开采、鼓铸”之事。接着年又参劾蔡珽凌辱重庆知府蒋兴仁，迫使其“气愤自杀，事后以病卒”奏闻。部议将他革职拟斩，而雍正却以“非军民钱粮”为由，令“酌情减等”，后改“协啧”，雍正仍不同意，说：“大臣可杀而不可辱，何得将封疆大吏解京协啧，著另议。”十一月，蔡珽被押解回京。正当蔡珽被押回北京办罪时，雍正三年（1725）正月，年羹尧败露，使蔡珽有了转机。二月雍正召见蔡珽，认为他的获罪“系年羹尧参奏”，于是免其罪。授为都察院左督御史，李维钧被革职，蔡珽署直隶总督。不难看出，蔡珽的阴差阳错的上升，与年的无可挽回的下落是同步进行的。

　　天有不测风云，人有旦夕祸福。雍正四年四月，雍正以蔡珽领事多，先后解其左都御史，都统事，七月，解吏部尚书，十月，因徇庇直隶昌尹营参将杨云栋贪污军饷一事，部议革职，雍正命降授奉天府尹。此时，在雍正眼里蔡珽已变为“一粗率轻薄，言过于实之人，况量浅舞巧，满腔私欲”。

　　前此，当岳钟琪代替年羹尧任川陕总督时，蔡珽入对，“言钟琪叵测”，真是一石激起千层浪，先是逼得岳钟琪“不胜惶惑，要辞去川陕总督而委以侍从闲散之官”。五年（1727）三月，雍正得知此事后，立即严旨追查。并且安慰岳钟琪“此明系蔡珽程如丝等鬼魅之所为”，并且说：“从前朕用岳钟琪为陕西总督时，蔡珽在朕前奏称岳钟琪不可深信”，然而“岳钟琪到京，则在朕前甚称蔡珽”，“岳钟琪实大有功于蔡珽，而蔡珽亦不应以谗言报之也”，此时，雍正的态度很是明朗，表现出了对蔡珽的极大不满。

　　蔡珽因此被从奉天召京师审问。在审问过程中，雍正忆起在伏法举人汪景祺的《西征纪实》一书中记有蔡珽抚川时，曾接受虁州知府程如丝贿赂之事。对此，“蔡珽亦云曾受过程如丝银六万六十两，金子九百两是实”，程如丝更是潇洒“也不在乎是谁保举的，若能事事见得，即系蔡府丞保举又何妨，不然就是特用的也见不得”，雍正只能慨叹“天理昭彰，胆寒毛骨为之悚然”。

　　九月，刑部疏参蔡珽“从前四川巡抚任内，屡蹈重罪，部议革职”，并将蔡珽的罪状归纳为十八条，“按律应斩立决，雍正令议斩监候”。六年（1728年）二月，管理旗务的多罗郡王德昭上疏，说又查出蔡珽家私藏朱批奏折三件，应照大不敬律立斩。此时，蔡珽正在四川听审，雍正令立即逮至京师。

　　其实，真正促使雍正对蔡珽下决心判定，是因为他曾为黄振国翻案。雍正四年三月，直隶总督李绂抵任。先是，左都御史蔡珽荐其故吏已革知县黄振国，起用为河南信阳州知州，巡抚田文镜劾黄振国贪劣不法。李绂由广东来京陛见，奏言振国无罪，文镜以绂与振国同年，劾其袒护。

　　四年十二月，浙江道御史谢济世参奏田文镜贪虐不法，谕责谢济世自恃言官，胸怀诡诈，令大学士、九卿等严讯具奏。讯得济世自认风闻无据，显系受人指使，要结朋党，扰乱是非，拟斩决。雍正已隐约感觉到蔡珽、李绂、谢济世有结党之嫌。在雍正眼里，甚至在整个清朝皇帝眼中，朋党都是十恶不赦的。雍正曾颁发谕旨：“解散朋党至再至三”。对于此案，雍正认为“究其根源，皆黄振国一人而起”，遂下令将黄振国立即处决。谢济世被发配阿尔台充军。蔡珽仍定斩刑，监侯处决。可见，对科甲朋党，雍正是恨之切、痛之深。

　　七年十月，以谢济世在阿尔台军前，供出昔年参田文镜出于李绂、蔡珽之授意，上召见廷臣，命绂随入。谕曰：“朕在藩邸，懒于交接，人所共知，并不知蔡珽、李绂之姓名。至田文镜之在河南，公忠为国，而蔡珽、李绂以其参劾黄振国等，遂极为陷害，朋比为奸，指使谢济世捏款诬参，欲令言臣挟制朕躬，必遂其私愿而后已”，“此风不可长”。

　　蔡珽直到雍正十三年乾隆即位才得赦免。出狱后，再未任职，默默无闻，乾隆八年，悄然离世。